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在BizTalk Server 2006 R2 中，一個應用程序實際上是BizTalk Server 在調試設計時期所有部件（如計劃，映射，管道，控制）, 消息組件（接收端口，接收地點，發送端口）以及其它相關項目中的一個邏輯分組，這些相關項目例如由集成業務流程所組成的政策。 BizTalk Server 應用程序簡化了基於BizTalk Server 解決方案的部署和管理。

例如，如果你正在使用BizTalk Server 2006 R2 部署一個關於401k的解決方案，相關的控制、計劃以及部件將組成一個單獨的BizTalk Server 應用程序。